運輸產業包括道路客運、通勤班車、旅游包車、出租車、校車等傳統客運業務，以及為適應新的市場形勢推出的定制快車、曹操專車、機場專線、醫療直通車、非急救轉運等互聯網+的業務。其中，主業道路客運現有12家運輸分公司和控股子公司，各類大型營運客車800余輛，營運線路313條，輻射19個省、市、自治區的359個縣市，承擔著南京70%以上的公路長途旅客運輸任務。
站務板塊經過整合，組建了南京公路客運站務有限公司，下設南京汽車客運站、汽車客運南站、汽車東站、客運北站、江寧站和葛塘站等6家客運站及南京聯網售票服務中心，管理進站班線300余條，日發客流5萬人次，高峰日發18萬人次。站務公司成立后，打破班線資源在各車站之間的流動瓶頸，根據旅客流量、流向合理調配全市班線資源，便捷更多的旅客出行需求。隨著高鐵南京北站進入十三五計劃，未來江北客運站也將依高鐵站而建，并規劃建設泰馮路客運站。
為應對長途客運下滑的趨勢，集團公司轉型發展，著力打造旅游產業。經過努力，在汽車客運南站、汽車東站設立了散客旅游服務平臺——南京旅游集散中心；配合旅游集散中心體系，我們設立了以“鄉村游”業務為主的美在鄉村旅游公司，以“周邊游”業務為主的長客行行旅游公司，以“環城游”業務為主的都市觀光巴士公司，以旅游文化創意產品為主的老萬年創意文化公司等。
修理和檢測板塊是為應對市場競爭整合重組后設立，以蘇創汽車維修服務有限公司為經營管理的主體，負責管理蘇創修理廠、豪華修理廠、幕府修理廠、小車修理廠、茂昌檢測站以及物資公司。經營服務范圍包括大中小型車輛維修、救援、博士柴油系統維修、汽車檢測、客車銷售、汽車銷售、客車配件供應、二手車交易等，是華東地區客車修理骨干企業。
三產板塊由物業管理公司、長江裝飾城、雄獅電子商城組成，對內承擔集團公司的后勤保障、房產基建、物業管理等職責，對外重點是對集團公司土地資源的開發利用，對商城賣場的經營管理。長江裝飾城、雄獅電子商城作為南京地區老牌賣場，在市民心目上具備較高的知名度，未來重點是品牌擴張和轉型升級，同時結合中央門地塊、汽車東站地塊、湯山地塊、浦口地塊的再開發，全力打造新的利潤支撐點。
為應對輕軌對溧水區、高淳區客運的影響，將潤溧公司、寧高公司進行整合，統一經營管理，形成區域一體化運作，打通區域瓶頸，協調互補優劣，加強轉型發展。在鞏固長途客運班線運營、車輛維修、公交班線等主營業務外，配合集團公司旅游集散中心體系的打造，建立溧水、高淳旅游集散分中心，開發旅游業務；盤活現有資產，積極引進合作伙伴，承接了區域校車業務；積極嘗試定制班線、定制包車、機場班線等新型運輸業務。
南京長運公路運輸有限公司成立于2012年12月，現有宇通、沃爾沃、蘇州金龍等各類中高檔營運客車143輛，其中LNG清潔能源客車88輛；營運線路21條，輻射南通、鹽城、徐州、泰州、連云港、淮安、揚州、常熟等市縣，年發送旅客300萬人次。公司堅持安全第一，服務至上的經營理念，遵循公車公營的經營模式，擁有技術精湛、服務過硬的駕駛員隊伍，駕駛員顧潔2016年被授予南京市技術能手，2017年被授予“南京市五一勞動獎章”、首屆“南京工匠（汽車駕駛）”；駕駛員李龍艷2014年被評為南京市勞動模范、南京市365好人、南京市技術能手等稱號；駕駛員唐杰等被授予南京技術能手、江蘇省交通技術能手等稱號。南京至常熟班線榮獲南京市“工人先鋒號”。公司先后參加了2013年南京亞青會、2014年南京青奧會、2017年世界輪滑錦標賽和2018年世界羽毛球錦標賽交通運輸保障服務。
南京白鷺高速客運股份是專門從事長途客運及旅游運輸的股份制企業，是具有一級道路客運經營資質、省市際旅客班線運輸及省市際旅游包車運輸資格的專業客運企業，并擁有ISO9001:2015質量體系認證和安全標準化一級資質。經營范圍包括長途客運、旅游包車、商務包車、賽事包車、通勤車等業務。先后為2013年南京亞青會、2014年南京青奧會、國家公祭日、2017世界輪滑錦標賽、2016-2017賽季CBA聯賽、2018年上海合作組織會議、2018年羽毛球世錦賽等大型賽事活動提供交通運輸保障服務；現有通勤車客戶15家，日發送通勤車43班次。白鷺人憑著誠實守信的經營理念，服務至上的工作作風，獲得了一系列的榮譽，涌現了許多先進典型：白鷺品牌于2012年獲得南京市名牌稱號，2015年度榮獲江蘇省名牌稱號；公司于2013年榮獲“第二屆亞洲青年運動會交通運輸保障優秀團隊”、2015年榮獲“服務保障南京青奧會立功單位”；公司駕駛員徐友祥于2016年被評為南京市第四屆“最美交通人”，同年入圍“南京工匠”選撥資格，被授予南京市交通運輸系統“技術能手”、江蘇省交通技術能手榮譽稱號，2017年被授予南京市五一勞動獎章，2018年被授予南京市勞動模范；駕駛員范本華2014年被評為南京市第二屆“最美交通人”，2015年被授予南京市“五一創新能手”、南京市“十佳文明職工”、全省道路、水路運輸行業“十佳感動人物”提名獎，2017年被評為江蘇省“最美交通人”，2018年被授予第十六屆“南京好市民”稱號。
長客運輸公司是主要從事省際班線運營和道路接駁運輸的專業運輸公司，擁有宇通、蘇州金龍、安凱、尼奧普蘭、桂林大宇等各類中檔營運客車117輛，擁有接駁資質的19輛。營運路線130條，輻射蘇、浙、魯、皖、豫、湘、鄂、陜、晉、冀、遼等13個省市。公司擁有優秀的駕駛員隊伍，駕駛員陸世榮先后被授予江蘇省“五一勞動獎章”、省技術能手、省五一創新能手、南京市銀牌駕駛員。
江蘇長運定制客運服務南京有限公司是由江蘇南京長途汽車客運集團有限責任公司和江蘇長運定制客運服務有限公司共同投資組建。成立于2015年11月。現有管理人員10人，駕駛服務人員38人，營運車輛38輛，其中7座奔馳20輛、12座大通2輛、45座以上大客16輛。公司以“巴士管家”為平臺，以實現公路客運服務“門到門”為核心，充分發揮道路客運企業專業化、規模化、網絡化、品牌化等線下優勢，積極創新運輸產品和組織方式，不斷提高公路客運核心競爭力。主營業務產品有健康專線、機場專線、公務定制出行專線、綜合旅游出行服務專線等。自運營以來，遵循方便顧客出行的理念，通過設立多種服務點，避免顧客出行的頻繁換乘，實現顧客就近、方便、舒心出行。以優質的創新服務，有力的安全保障及高效的運行管理，獲得了顧客的青睞。
南京利凱汽車租賃有限公司于2015年5月9日成立，注冊資金1000萬元，是江蘇南京長途汽車客運集團有限責任公司全資子公司。托管了政源通實業有限公司、寧港汽車運輸有限公司。主營汽車租賃、專車服務、出租車、汽車貿易、集裝箱出入境運輸等業務。在專車經營方面，公司擁有各類型中高檔轎車、商務車44輛。在2013年至2018年期間，參與了青奧會、亞青會、APEC會議、世界輪滑賽及世界羽毛球賽等重大活動與賽事的交通運輸服務保障任務，并以優質的服務實現了交通服務“零投訴”，獲得了社會的一致好評。目前，公司致力于互聯網+的運用，打造線上線下用車服務平臺，結合國有企業長期以來形成的規范安全運營傳統和經驗，在省、市際商務快線、定制客運、專車服務上不斷突破發展。尋求各類合作伙伴的加入。
南京白鷺快件運輸有限公司是江蘇南京長途汽車客運集團有限責任公司下屬的快件運輸企業。在小紅山長途汽車站、汽車東站、汽車南站均設有營業點，依托上千客運班次的營運網絡，業務范圍輻射上海、浙江、安徽、河北、河南、山東、湖北、湖南、江西、廣東、廣西、貴州、福建、陜西、山西、遼寧等全國19個省、市及江蘇省內所有地級市和上百個縣、鄉鎮地區。快遞物品可以當日到達，安全快捷。并代理銷售各類快消品，還從事倉儲配送業務，擁有3萬平方米的倉庫，具備強大的配送力量。